Suuren taistelun jälkeen Myrskyklaani, Varjoklaani, Jokiklaani ja Tuuliklaani ovat eläneet rauhassa ja yltäkylläisesti reviireillään järven ympärillä. Kissanpäiville on kuitenkin tulossa pian loppu; edessä siintää synkkä varjojen aika.

Klaanit saavat ratkaistavakseen salaperäisen ennustuksen. Nuori Myrskyklaanin parantajaoppilas Leppätassu lähtee vaaralliselle matkalle korjatakseen vanhan vääryyden. Hyvää tarkoittava ajatus uhkaa kuitenkin koitua soturiklaanien kohtaloksi.

Varjojen aika -saagassa palataan Myrskyklaanin päällikön Vatukkatähden valtakauteen, Tähtien enne -saagan jälkeisiin tapahtumiin. Oppilaan tehtävä on saagan ensimmäinen osa.