Assyrialainen Naramu marssii Egyptin faraon johtaman liittouman mukana Babylonian armeijaa vastaan. Samaan aikaan Babylonian armeijassa Amel-Marduk tavoittelee kuninkaanpoika Nebukadressarin luottamusta ja upseerin asemaa. Kahden nuorukaisen kohtalot kietoutuvat yhteen, kun hallitsijat valmistautuvat taisteluun, joka ratkaisee maailmanherruuden.

Harmegiddo kuvaa suurten mullistusten aikakautta 600-luvulla ennen ajanlaskun alkua, jolloin maailmanjärjestys asetettiin uudelleen nykyisen Lähi-idän alueella. Kirja on Assurin kehrä -romaanin itsenäinen jatko-osa.