Ninjoilla on tärkeä tehtävä: heidän on löydettävä Lloydin äiti, Mestari Wu ja seikkailija Clutch Powers, joiden johtama retkikunta on kadonnut tutkimusmatkallaan tuntemattomalla saarella. Ninjat ovat värvänneet mukaansa Sätky-Timin – ainoan henkilön, joka on tiettävästi vieraillut saarella aiemmin – mutta valitettavasti Timin muistiin ei voi täysin luottaa.

Omituiset äänet, leikkisä lohikäärme ja vanha ystävä odottavat heitä mysteerisaarella.