Suomen Akatemian historia 1-3 kuvaa Suomen Akatemian vaikutusta suomalaisen tieteen ja tutkimuksen kehitykseen ja kansainvälistymiseen. Tutkimuksen piiriin kuuluvat niin 1948-69 toiminut vanha Suomen Akatemia kuin 1950 perustettu tieteellisten toimikuntien järjestelmä, joka muuttui 1970 nykymuotoiseksi Suomen Akatemiaksi.
Sarjan ensimmäisessä osassa kuvataan suomalaisen tiedehallinnon rakentumista toisen maailmansodan jälkeisinä vuosikymmeninä. Vanha Suomen Akatemia perustettiin kansallisen innostuksen vallassa osoittamaan, että perinteiset kulttuuriarvot ovat Suomessa yhä voimissaan. Se sai pian rinnalleen tieteellisten toimikuntien järjestelmän, joka toimi opetusministeriön tiedepoliittisena asiantuntijaelimenä ja jakoi myös itsenäisesti määrärahoja tieteelliseen tutkimukseen. Toimikuntajärjestelmää laajennettiin 1961, jolloin toimikuntien lukumäärää nostettiin kahdesta kuuteen ja niiden alaisuuteen perustettiin tutkijoiden toimia. Toimet merkitsivät tutkijan ammattiuran ja tutkijain ammattikunnan syntymistä.
Akatemian ja tieteellisten toimikuntien taival limittäytyi osaksi Suomen yleistä poliittista ja tiedepoliittista kehitystä. Urho Kekkonen oli suhtautunut kielteisesti Akatemiaan sen perustamisesta alkaen, ja käsitys vahvistui vuosien kuluessa, kun hän koki eräät akateemikot, erityisesti kemian nobelisti A. I. Virtasen, vastustajikseen. Kun yleinen suuntaus kohti suunnitelmallista ja keskitettyä tiedepolitiikkaa alkoi kasvattaa opetusministeriön ja toimikuntien merkitystä, paine Akatemiaa kohtaan lisääntyi nopeasti 1960-luvun kuluessa. Uusi Suomen Akatemia perustettiin silmänkääntötemppuna 1969, jolloin vanha Suomen Akatemia lakkautettiin ja sen nimi siirrettiin tieteellisten toimikuntien järjestelmälle.