Hub Networkin TV-hittisarjaan perustuva TRANSFORMERS PRIME haastaa pelaajat yhdistämään voimansa AUTOBOTIEN ja teinien Jackin, Mikon ja Rafin kanssa Prime-tiiminä, jotta he voivat pelastaa ihmiskunnan. Pahat DECEPTICONIT ovat yhyttäneet maata lähestyvän Dark Energon -meteorin. DECEPTICONIEN johtaja MEGATRON aikoo valjastaa tämän meteorin voiman omiin pahaenteisiin tarkoitusperiinsä. Ihmiskunnan eloonjääminen on vaakalaudalla, kun pelaaja ottaa hallintaansa OPTIMUS PRIMEN ja muita sarjan suosikkihahmoja ja käynnistää eeppisen hyökkäyksen MEGATRONIN armeijaa vastaan, jotta jättiläismäinen räjähdys ei tuhoaisi maapalloa!