Tieteellisten seurain valtuuskunta hallinnoi kokous- ja toimitiloja Tieteiden talossa ja edistää seurojen julkaisutoimintaa. Seuroille tarjottuja verkkopalveluja on kehitetty 2000-luvulla voimakkaasti. Valtuuskunta julkaisee Tieteessä tapahtuu -lehteä ja järjestää yhdessä muiden toimijoiden kanssa Tieteen päiviä. Valtuuskunnan Tiedeakatemiajaosto hoitaa yhteyksiä kansainvälisiin tiedeorganisaatioihin ja koordinoi tieteenalakohtaisten kansalliskomiteoiden toimintaa Suomessa. Valtuuskunta päättää valtionavustuksista tieteellisten seurojen julkaisutoimintaan sekä kansainvälisten konferenssien ja seminaarien järjestämiseen Suomen Akatemialta saatavalla määrärahalla. Tämän lisäksi Tiedonjulkistamisen neuvottelukunnan ja Tutkimuseettisen neuvottelukunnan pääsihteerit työskentelevät valtuuskunnan yhteydessä.