Tre kontinenter. Tre tidsplan. Vi møter William, en melankolsk biolog og frøhandler i England i 1852. Han ønsker å bygge en helt ny type bikube, som skal gi både han og hans barn ære og berømmelse. I USA 2007 kjemper birøkteren George i motbakke. Han håper sønnen kan bli gårdens redning. I år 2098 arbeider Tao med håndpollinering i Kina, hvor biene er forsvunnet. Mer enn noe annet ønsker hun at sønnen skal få en utdannelse og et bedre liv enn det hun selv har hatt. Her skildres menneskenes første forsøk på å holde bier, via dagens industrielle landbruk og til en framtid der biene er døde. Bienes historie er en historie om relasjonen mellom foreldre og barn, og om menneskenes sårbarhet.