Ambientada a La Haia a les acaballes de la Segona Guerra Mundial, El llibre negre narra la història de Rachel, una jove jueva perseguida pel règim nazi que es veu obligada a col·laborar amb ells fent d'espia per tal de salvar la vida. Un cop introduïda a l'organització, s'enamorarà del seu supervisor alemany i descobrirà que l'assassinat dels seus pares no va ser un accident casual, com ella creia, entre moltes altres veritats difícils de pair: Aviat descobrirà també que no només els nazis van treure profit de l'extermini jueu. Però, ¿en qui pot confiar? ¿Com aconseguirà Rachel arribar a distingir la veritat de la mentida? La clau del misteri es troba en el llibre negre, vigilat de prop pel guarda de registres i llibres jueus de La Haya. A les pàgines d'aquest quadern hi ha registrats els diners que es van donar als jueus (i que després se'ls va robar) però també qui de l'excèrcit de la resistència rebia comissions per aquestes ?fugues? de diners que els conduïa irremeiablement a la mort. Sota un cel ple de bombes i amb l'ajut del seu amant, l'oficial alemany, Rachel està disposada a tot per arribar a desvelar la veritat.