Året är 1497 i klostret Santa Maria delle Grazie i Milano och Leonardo da Vinci är i färd med att lägga sista handen vid sitt mästerverk Nattvarden ett av världens mest berömda konstverk. Samtidigt i Rom får påvens hov en rad anonyma, detaljerade brev som antyder att Leonardo da Vinci gömmer kätterska symboler i sitt måleri. Hur kommer det sig till exempel att han målat Jesus tolv lärjungar utan glorior? Och varför har da Vinci målat sig själv som lärjungen Judas Taddeus med ryggen vänd mot Jesus?

I egenskap av inkvisitor och expert på att dechiffrera koder skickas fader Agostina Leyre till Milano för att undersöka saken. Medan han är där skakas staden av flera mystiska mord. Har dessa någonting med Nattvarden och dess egensinnige upphovsman att göra? Och vem ligger bakom de gåtfulla breven till Vatikanen? Plötsligt befinner sig fader Agostina Leyre mitt i ett dödligt spel av gåtor, bannlysta texter och hemliga budskap.