Suomen osuus Itämeren fosfori- ja typpikuormituksesta on hieman alle 15 prosenttia, kun mukaan luetaan myös luonnonhuuhtouma. Maatalous aiheuttaa Suomessa 60 prosenttia fosforin ja 52 prosenttia typen kuormasta, joka päätyy Itämereen ihmistoiminnan seurauksena. Maatalouden vaikutus rehevyyteen on voimakkainta Saaristomerellä. Lisäksi maatalous heikentää veden laatua selvästi Suomenlahden rannikolla ja esimerkiksi Kyrönjoen ja Kokemäenjoen edustoilla. Suomenlahden rannikon ja Saaristomeren valuma-alueiden pelloista valtaosa on erodoituvia savimaita, joita hyödynnetään viljantuotantoon. Näiltä mailta tuleva ravinnekuorma kulkee suurimmaksi osaksi maa-aineksen mukana. Pohjanmaalla maat ovat karkeampia ja multavampia, maasto tasaisempaa ja nurmien määrä suurempi, eikä eroosio ole keskeinen ongelma. Kuormitus muodostuukin suuremmassa määrin valumaveteen liuenneista ravinteista kuin eteläisen Suomen savialueilla. Vaikka lannoitusmäärät ovat pienentyneet huomattavasti viimeisten vuosikymmenien aikana, seuranta-aineistoissa ei ole vielä nähtävissä merkkejä maatalouden ravinnekuormituksen vähenemisestä. Mikäli maatalouden käytännöt jatkuvat nykyisenlaisina, ravinnekuorma Itämereen ja sisävesiin kuitenkin todennäköisesti hitaasti pienenee Uudenmaan kaltaisilla alueilla, missä valtaosa peltoalasta on kasvintuotantotilojen käytössä. Sen sijaan ravinnekuormitus voi tulevaisuudessa lisääntyä seuduilla, jonne on syntynyt tai syntymässä vahvoja kotieläintalouden keskittymiä. Tällaisia alueita on esimerkiksi Varsinais-Suomessa, Satakunnassa ja Pohjanmaalla. Koska kotieläinten lantaan kulkeutuu noin 70 prosenttia vuosittain korjattavan sadon sisältämästä fosforista, kotieläintaloudella on ratkaiseva merkitys maatalousmaan ravinnetilan kehityksen ja sitä kautta ravinteiden huuhtouman kannalta. Jos kuormitusta halutaan voimakkaasti ja nopeasti leikata, erityisesti kotieläintilojen ravinnekierto on saatava kestävälle pohjalle ja maatalouden vesiensuojelutoimia on kohdennettava kaikkein kuormittavimmille peltolohkoille. Sen lisäksi joissakin tapauksissa on ryhdyttävä valumavesien aktiiviseen puhdistamiseen. Toisaalta tärkeää on myös turvata peltojen yleinen kasvukunto huolehtimalla muun muassa kalkituksesta ja salaojituksesta. Viljelymaiden eroosion vähentäminen edellyttäisi viljelyn monipuolistamista eteläisessä Suomessa, kasvipeitteisen alan kasvattamista ja pitkäaikaista panostamista maan rakenteen parantamiseen ja vesitalouden kunnossapitoon. Kotieläintalouden vallitsevana trendinä lienee tuotannon keskittäminen yhä suurempiin yksiköihin, sillä muihin Länsi-Euroopan maihin verrattuna Suomessa on hyödynnetty vasta osa keskittämisen hyödyistä. Toisaalta keskitetty tuotanto voi lisätä esimerkiksi eläintauteihin liittyviä riskejä. Jos riskien kasvu aiheuttaa tappioita tai pienentää voittoja, keskitetyn tuotannon kilpailukyky ei muunnu taloudelliseksi voitoksi. Sen sijaan tuotanto lisää varmuudella keskittymäalueiden ympäristökuormitusta ja siten myös tarvetta kohdentaa ympäristönsuojelutoimia alueellisesti. Kokonaisuuden kannalta maatalouskäytäntöjen muuttaminen vähemmän ympäristöä kuormittavaan suuntaan olisi myös taloudellisesti edullista. Esimerkiksi kotieläinten ruokinnassa käytettävien kivennäisten käyttöä voitaisiin vähentää monilla tiloilla ja täten säästää kustannuksia.