Baten Kaitos: Eternal Wings and the Lost Ocean ja Baten Kaitos Origins ovat palanneet parannelluilla grafiikoilla ja uusilla ominaisuuksilla, jotka auttavat pelin kulkua ja tekevät pelistä aloittelijaystävällisen. Kauan sitten tapahtui yhteenotto ilkeän jumalan ja kansan välillä. Hurjan taiston jälkeen kansa onnistui vangitsemaan ilkeän jumalan, mutta jäljelle jäi vain autiomaa. Kansa päätti siksi hylätä maan ja elää taivaalla. Tällaiset tarinat kulkivat sukupolvelta toiselle legendoina. Tähän aikaan kansalla oli siivet nimeltään Wings of the Heart, ja he elivät rauhaisaa elämää. Se oli pitkäkestoisen rauhan aika, mutta tuho oli jo alkanut huomaamatta. Kun nuori mies kutsuu suojelushengen, tarina alkaa. Tarina kelluvalla mantereella, jossa ajatukset ja rukoukset kohtaavat toisensa.

Baten Kaitoksen maailmassa varusteet, aseet, loitsut, tavarat jne. sisältävät Magna Essencen, jonka voi sitoa kortteihin ja palauttaa alkuperäiseen muotoonsa tarvittaessa. Nämä kortit ovat nimeltään ”Magnus” ja ovat täysin ainutlaatuisia näissä peleissä. Jokaisella hahmolla on oma Magnus-korttipakkansa, joiden avulla he voivat hyökätä tai parantaa. Hyökkäyksen voiman määrää taitopisteet sekä korttien yhdistelmä, jonka pakka antaa satunnaisesti.