Legendaarinen klassikkopeli vuodelta 1988 saa jatkoa ihkauudessa Bionic Commando -seikkailussa, joka esittelee keskeisenä hahmona bionisesti vahvennetun Nathan "R.A.D." Spencerin. Aika ei ole kohdellut Spenceriä ystävällisesti, sillä viisi vuotta hänen sankarillisen voittonsa jälkeen hallitus petti hänet tuomiten miehen vankilaan rikoksista, joita hän ei tehnyt, ja lopulta langettaen hänelle kuolemanrangaistuksen.

Teloituspäivän koittaessa tapahtuu jotain yllättävää. Terroristit räjäyttävät massiivisen kokeellisen aseen Ascension Cityssä, jonka seurauksena aiheutuu vaikuttava maanjäristys tuhoten kaupungin suurelta osin, sekä tappaen suuren osan sen asukkaista. Kaupunki raunioituneena sen puolustusmekanismi päätyy terroristiryhmän hallinnoimaksi, mutta näiden tavoitteet jäävät hämärän peittoon. On vain yksi vaihtoehto: kommandoisku linjojen takaa.

Tehtävä on kuin luotu Bionic Commandolle!

- Hyödynnä bionista käsivartta liikkuaksesi vauhdilla pilvenpiirtäjien välillä huikealla vauhdilla, tarttua etäisiin esineisiin tai roikkua mitä oudoimmissa paikoissa luoden omat kulkureittisi ympäri pelimaailmaa.
- Peli hyödyntää liikkumista jokaiseen mahdolliseen suuntaan - 3D-peli, joka todellakin hyödyntää maailmaa kokonaisvaltaisesti.
- Ainutlaatuiset moninpelimuodot tarjoavat runsaasti haastetta niin amatööreille kuin konkareillekin ja rankkaa jyvät akanoista.
- Käytä hyväksesi bionista kättä niin aseena kuin tarttumavälineenä: voit vaikkapa viskoa vihollisia ilmaan tai repiä ympäristöä rikki!
- Bionic Commandon äänenä on itse Mike Patton, joka tunnetaan monista menestyneistä bändeistä, aiemmin mm. Faith No Moresta!