Kun Matsume valloittaa Suuren rukouksen temppelin taistelukoulun, Hinetoshi joutuu lähtemään senseinsä ja ystäviensä kanssa maanpakoon.

Pakomatkalla Hinetoshi huomaa, että vihollisen vakoojat ovat soluttautuneet kaikkialle aina keisarin palatsia ja poliisivoimia myöten, eikä Hinetoshi voi luottaa kehenkään. Hinetoshin piileskellessä satamakaupungin huvikortteleissa vihollinen jatkaa valloitustaan.

Edessä on suursota, jonka vain Hinetoshi voi voittaa toteuttamalla tehtävänsä maailman mahtavimpana ninjana. Hinetoshin soturikoulutus on kuitenkin vielä pahasti kesken. Geishatalon ja noo-teatterin tarjoamilla ninjakikoilla hän tuskin pystyy lyömään mahtavat armeijat. Yhtään enempää apua ei ole uudesta senseistäkään, joka on viettänyt viime vuosikymmenet luolassa maailmankaikkeutta pohdiskellen. Onnistuuko Hinetoshi tulemaan siksi, joksi on syntynyt? FatalNinja-sarjassa ovat aikaisemmin ilmestyneet Soturioppilas (2009) ja Varjosoturi (2010).