A plague tale : innocence kertoo tarinan nuoresta Amicia-tytöstä ja pienestä Hugo-pojasta keskellä Mustan surman repimää Ranskaa. Rottien levittämä rutto aiheuttaa kärsimystä ja kuolemaa Ranskan kuningaskunnassa kaupunkien ja kylien kokoon katsomatta. Kaikkialle leviävä kulkutauti koettelee etenkin lapsia, vanhuksia ja muutoin hauraita katalin seurauksin, eikä rottien alati kasvavalle nälälle tunnu olevan loppua. Niin eläimet kuin ihmisetkin jäävät taudin jalkoihin. Mutta Amician ainutlaatuinen tulinen hehku tuntuu pitävän rotat loitolla.
Synkkä, mutta tunnelmallinen tarina kahdesta sisaruksesta matkalla läpi keskiaikaisen Ranskan on ainutlaatuinen yhdistelmä seikkailua, toimintaa, hiiviskelyä ja hahmojen keskinäistä vuorovaikutusta. Tapahtumia taustoittava karu maailma elävine ihmisineen ja tapahtumineen on miltei yhtä tärkeässä osassa kuin Amicia pikkuveljensä Hugon ohella.
Mustan ruton ohella Ranskaa riepotellaan kirkollisen inkvisition toimesta. Noitavainot, tapahtumien aiheuttamat epäluulot ja ihmisten itsekkäät motiivit luovat omat haasteensa Amician ja Hugon selviytymiskertomukseen läpi arpeutuneen maan.