Eletään 1600-lukua myrskyisän Karibian alueella. Espanjan, Englannin, Ranskan ja Alankomaiden mahtavat kuningaskunnat taistelevat verisesti siirtokuntiensa omistuksista ja oikeuksista. Pelaaja astuu nuoren merikapteenin saappaisiin, jonka tavoitteena on tulla uuden uljaan maailman mahtavimmaksi mieheksi. Tuon tavoitteen saavuttamiseen tarvitaan kuitenkin tiukkoja päätöksiä ja oikeita ratkaisuja. Valittavissa on sekä seikkailijan että kaupankävijän tie.

Port Royale 3 vie pelaajansa monipuoliseen ja yksityiskohtaiseen pelimaailmaan, jossa vaarat ja mahdollisuudet käyvät käsi kädessä erilaisten haasteiden ja tilanteiden muodossa. Port Royale 3 tarjoaa pelaajalleen mahdollisuuden kokea Karibian maisemat niin yksin kuin myös neljän pelaajan moninpelissä. Kaksi erilaista pelikampanjaa tarjoavat lukemattomia mahdollisuuksia omien tavoitteiden saavuttamiseen.